O Curso de Engenharia Química iniciou suas atividades no ano de 1965, quando foi fundada a Escola Federal de Engenharia de Uberlândia. Em 1969 formou-se a primeira turma.

   Este curso recebeu suporte do Departamento de Engenharia Química (DEQ), que também iniciou sua atividades em 1965. Nesta época era composto por apenas sete professores. Suas atividades se resumiam a atividades de ensino para os cursos de Engenharia Química (básico e profissional) e Engenharia Mecânica (básico).

   Com a criação da Universidade Federal de Uberlândia em 1977, o antigo Departamento ampliou sua área de atuação devido à incorporação de novos cursos, principalmente o de Licenciatura em Química. Mesmo na estrutura da UFU em que cada área de conhecimento constituía um departamento, o DEQ manteve sua denominação e continuou a atuar em duas áreas distintas: Química e Engenharia Química.

   Em novembro de 1985, houve o desmembramento do antigo DEQ com a criação do Departamento de Química e do novo Departamento de Engenharia Química.

   A preocupação do DEQ/UFU com a melhoria da capacitação de seu corpo docente estimulou o desenvolvimento de atividades de pesquisa e extensão. Tal fato provocou uma substancial elevação da qualidade do ensino de graduação e propiciou a implementação de uma razoável infra-estrutura material e técnica.

   A partir de março de 1994 foram iniciadas as atividades do Curso de Mestrado em Engenharia Química.

   Em 2000, com a aprovação do novo Estatuto da Universidade Federal de Uberlândia, o Departamento mudou sua denominação para Faculdade de Engenharia Química.

   No ano de 2002 foi implementado o Curso de Doutorado em Engenharia Química, sendo este o primeiro no Estado de Minas Gerais.